Lo spazio attuale del transetto è quello che un tempo occupava l'antica chiesa della Trinità, con ingresso dal lato dove oggi c'è l'altare del Crocifisso.
E' racchiuso nei lati corti dai due stupendi altari barocchi del Purgatorio (vedi punto 1 nella mappa) e del Crocifisso (2), restaurati nel 1892. Le volte sostituiscono quelle originarie che dovevano essere probabilmente a travatura lignea.
Padre Gesualdo De Luca nel 1883 scriveva di «grosse e lunghe travi di pini sostenenti le tettoje della chiesa della Matrice».
Le cappelle e gli altari
 La chiesa ha quattro cappelle laterali e due in fondo, a destra e a sinistra del coro.
Entrando in chiesa e procedendo nella navata destra la prima cosa che si incontra è l'antico fonte battesimale del 1614. E' in marmo scolpito con un coprifonte ottocentesco in legno dipinto ed istoriato di un metro e 80 di altezza.
Alla base un’iscrizione documentaria ci ricorda la data della sua fattura: «MDCXIIII sa[..]entis in vitam aeternam» (1614. La fonte della vita eterna). Il fonte oggi è posto in una rientranza (vedi sopra al n. 12 della mappa) dove un tempo c'era l'ingresso della chiesa di Santa Maria (all'esterno corrisponde alla porta ogivale in pietra calcarea sormontata da un piccolo mascherone).  Al Fonte battesimale segue la prima cappella dedicata a SAN BIAGIO (n. 8 della mappa).
In una nicchia racchiusa da una cornice architettonica con due colonne tortili laterali è posta la statua del Santo, un misto di legno scolpito e dipinto e di cartapesta della seconda metà del XVIII secolo.
Appoggiata sulla statua una mitra di vescovo di cotone e seta bianca ricamati in oro filato. San Biagio è copatrono di Bronte ed ogni anno i brontesi gli dedicano una festa portando in processione questa statua lungo le vie del paese.
 Il fercolo è stato realizzato nel 2016, nel 1700° anniversario del martirio del Santo con le offerte dei portatori di vara ed il lavoro gratuito di artigiani e commercianti brontesi. L'ingresso della Cappella è delimitato da una coppia di balaustre con elementi troncopiramidali in marmi policromi scolpiti, intarsiati della prima metà del secolo XIX. L'altare, impreziosito di marmi policromi è del 1770; da notare il bel bassorilievo in marmo bianco, nero e rosso murato sul fronte dell’altare raffigurante San Biagio (vedi foto sulla destra) Segue quindi un vano (vedi punto 11 della Mappa) (vi era posto prima il fonte battesimale) dove un recente restauro ha riportato alla luce una parte della rustica parete esterna e una monofora dell'antica chiesa di Santa Maria, poi (dal 1505) inglobata nella Chiesa della Ss. Trinità (l'attuale Matrice). L'ultima cappella della navata destra è quella dedicata alla MADONNA ADDOLORATA (punto 6), con l'omonima statua posta nella nicchia della parete di fondo. In cartapesta modellata e dipinta è della seconda metà del 1700 e misura m. 1,81 di altezza.
La statua, molto venerata dai brontesi, ogni anno è portata nella processione del Venerdì Santo dietro le statue del Cristo alla Colonna (proveniente dall'Annunziata), del Crocifisso (dalla chiesa della Madonna del Riparo) e del Cristo morto (dai Cappuccini). L'altare, della fine del 1700 (1,48 m. x 2,18 di larghezza), è in marmi policromi scolpiti e intarsiati. Al centro, in un bassorilievo in marmo bianco su marmo di colore nero, è scolpita l’immagine della Madonna. L'ingresso della cappella è delimitato da una balaustra in marmo degli stessi colori dell'altare composta da colonnine quadrate e troncopiramidali.  La prima cappella della navata sinistra è dedicata al CUORE DI GESU' (vedi N. 7), ricca di piccole opere d'arte. Scrive il Radice che è «preesistente al 1781, come leggesi nella lapide (murata sulla destra dell'altare) commemorativa delle indulgenze concesse da Pio VI».
L'accesso alla cappella, come in tutte le altre, da un varco delimitato da balaustre in marmi policromi. Nella chiave dell’arco d'ingresso, una cartella in stucco modellato, dipinto e dorato del secolo XVIII porta l’iscrizione «Concaluit / cor meum / intra me» (“Brucia (d'amore per gli uomini) il mio cuore dentro me”). In una nicchia della parete di fondo, è posta la statua del Sacro Cuore, di fine ottocento, in cartapesta modellata e dipinta. Sulla parete in un piccolo dipinto (olio su tavola della seconda metà del 1800) è raffigurato il Sacro cuore, che è anche riproposto con un altorilievo in marmi policromi scolpiti, dipinti e dorati nella parte frontale dell'altare. Ai lati dell'altare sono posti due piccoli mausolei in marmo eretti alla fine del 1700 a due arcipreti che ressero la chiesa: sulla sinistra, quello di Vincenzo Uccellatore e, sulla destra, quello di Placido Dinaro. Nella parete un dipinto della Madonna con Bambino che schiaccia il serpente (150 x 103 cm. di larghezza, di fine 1800) e, a destra, il quadro del Buon Pastore, dipinto ad olio nel 1880 dal pittore brontese Agostino Attinà.  Viene quindi l'ingresso della sagrestia (9) e, dopo, la CAPPELLA DEGLI APOSTOLI PIETRO E PAOLO (5). Anche qui una cartella è murata nella chiave dell’arco d'ingresso; porta l’iscrizione «Gloriosi / principes Terrae» (Gloriosi principi della terra).
Come in quasi tutte le altre della chiesa, l’ingresso della cappella è delimitato da due graziose balaustre in marmi policromi scolpiti e intarsiati con elementi troncopiramidali.
Sopra l'altare, in una cornice architettonica di stile classico, è appeso un bel dipinto di fine 1700 (olio su tela di cm. 230 x 150 di larghezza) che raffigura i due apostoli.  «Bellissimo e di scuola romana... - scrive il Radice - ne è autore forse lo Spanò. L'apostolo Pietro è in atto di scrivere le sue epistole; l'apostolo delle genti in atto di predicare alle turbe.» Ad impreziosirlo ancora di più sopra il dipinto è appesa una mantovana, in legno intagliato e dorato, della prima metà del 1800.
Sul fronte dell'altare, risalta un bel bassorilievo in marmi policromi scolpiti ed intarsiati con la figura della SS. Trinità.
Sulla destra del transetto, guardano l'altare maggiore, si trova la CAPPELLA DI SANTA MARIA DELLA CANDELORA (numero 4 nella mappa) o della Purificazione.
 Vi si accede da una artistica coppia di balaustre con elementi in marmo intarsiati e dipinti della prima metà del XVIII secolo. L'altare, della stessa epoca, è costruito con stessi marmi policromi, scolpiti e intarsiati ed al centro presenta un bassorilievo con la figura della Madonna. In una nicchia della parete di fondo, sopra l’altare, è posta la statua della Madonna con Bambino (sec. XVIII). Alta 195 cm., è in cartapesta modellata e dipinta e, probabilmente di scuola gaginiana. Alle pareti laterali vi sono due affreschi che rappresentano le due presentazioni al tempio: della Vergine e di Gesù. Scrive il Radice che la cappella «... è anteriore al 1708, come risulta dai registri di morte e dagli atti di fede del notaro Arcangelo Spedalieri, (1684). Vi è sepolto il barone D. Antonino Papotto, il che fa supporre che la cappella sia stata fabbricata a sue spese, essendo nota la beneficenza sua alle chiese.
Venne costruita nella prima metà del secolo XVII; ha l’altare di marmo, e come quelle di S. Biagio e dell’Addolorata, è stata decorata a cura del sac. Ardizzone Venia. La statua della Vergine è discretina. Alle pareti laterali vi sono affrescate le due presentazioni al tempio: della Vergine e di Gesù».
Da ammirare lo sportellino in legno intagliato e intarsiato che chiude il tabernacolo dell'altare; è della metà del 1700. | 
A sinistra del transetto vi è la CAPPELLA DEL SS. SACRAMENTO (vedi punto 3 nella mappa in alto): è una delle più belle e ricche della Matrice. Secondo il Radice esisteva già dal 1574 ma probabilmente fu restaurata e rifatta nella metà del XVIII secolo. Ricca di quadri e di sculture in marmi policromi, vi si accede attraverso una coppia di balaustre in marmi policromi con elementi intarsiati.
Nel presbiterio si notano la struttura lignea parietale dell'antico coro con gli imponenti ed austeri scranni dorati e lavorati a intarsi e la maestosa apparecchiatura del maestoso organo meccanico.
Molto bello il coro che circonda la zona del presbiterio.
Sempre sulla sinistra del transetto, in una nicchia a sinistra della cappella del Sacramento con sopra una mantovana in legno intagliato e dorato della prima metà del 1800, è posta la statua di S. MICHELE ARCANGELO.
E' variamente raffigurato: all’Annunziata, con in una mano una bilancia nell'atto di pesar le anime secondo le opere loro buone e cattive e nell'altra mano una lancia che trafigge un demonio posto sotto i piedi.
Il quadro "Buon Pastore" (olio su tela di cm 150x103 del 1880) dell'artista brontese Agostino Attinà, è posto nella parete destra della terza cappella della navata sinistra (Cuore di Gesù).
«Regnando Pio IX, pontefice massimo, la pietà dei fedeli, la cooperazione del rev economo q sac. Antonino Saitta, iniziarono i restauri della navata maggiore di questo tempio nel 1876, e compirono gli adorni a. 29 febbraio 1880».
Forse la Matrice non è la più antica chiesa di Bronte ma certamente è la più grande e quella più importante e significativa sia dal punto di vista architettonico che soprattutto storico e documentale.
Per molti secoli questi libri ("i riveli") rappresenteranno la sola registrazione anagrafica della popolazione brontese. I registri di battesimo cominciano dal 1582, quelli di matrimonio datano dal 1589 e quelli di morte dal 1613.
Chiesa della SS. Trinità: 
